Vérifiez en modifiant le(s) produit(s) commandé(s) qu'une taxe est bien définie. Si aucune taxe n'est mentionnée sur le détail de la commande (et sur la facture) c'est que les produits n'ont pas de taxe.

Si la taxe est bien présente sur le(s) produit(s) commandé(s), vérifiez que celle-ci est bien activée pour la zone de votre client depuis Modules > Boutique > Réglages > Taxes.